南佐遗址位于庆阳市西峰区后官寨镇南佐行政村王嘴自然村残塬沟壑边的台地上，遗址周围地势平坦。1984年至1996年，甘肃省文物考古研究所先后对遗址进行了五次发掘，揭露面积1300多平方米。在遗址的北部发现了一处大型夯筑祭祀性殿堂建筑遗迹，编号为F1。F1南北长33.5米，东西宽18.8米，室内面积为630平方米，平面呈长方形，为前堂后室结构。墙体为纯黄土平板夯筑，墙体外侧有排列整齐的柱洞。

在F1周围还分布着若干小房址。发掘清理了多处住室、灶坑及大型灰坑，出土了一些陶器和石斧、石刀、纺轮、骨针。2001年被中华人民共和国国务院公布为全国重点文物保护单位。

1981年被甘肃省人民政府公布为省级文物保护单位。

南佐遗址是甘肃又一处高等级的中心遗址，它对研究新石器时期仰韶文化的社会形态具有重要的历史价值，而同时发现的大量碳化粮食是我国古代农业考古的重要材料，它对研究农业起源和农作物的种植与分布交流等也具有十分重要的意义。